Ｂ大学で登録していたドメイン名は廃止手続きが必要です。
日本レジストリーサービス株式会社（以下、JPRS）「属性型（組織種別型）・地域型 JP ドメイン名登録等に関する規則」第9条にあるように、１組織（大学）で登録可能なドメイン名は１つに限定されていますのでＢ大学で登録していたドメイン名は廃止手続きが必要です。